Chính thể hiện hữu tại Sudan được coi là một chính phủ độc tài với quyền lực tập trung trong tay của Tổng thống Omar al-Bashir. Bashir lên cướp chính quyền trong một cuộc đảo chính hồi Tháng Sáu năm 1989 và giữ vai trò tối cao từ đó đến nay (2009).

Từ năm 1983 đến 1997 Sudan được chia thành tám xứ (5 xứ thuộc miền Bắc, 3 ở miền Nam). Mỗi xứ có đô thống quân đội đứng đầu. Sau cuộc đảo chính năm 1985 thì hội đồng hàng xứ đã bị giải thể.

Tháng 12 năm 1999 cuộc tranh chấp quyền lực giữa Tổng thống Omar al-Bashir và Chủ tịch Quốc hội Hassan al-Turabi bùng nổ. Turabi bị tước hết quyền lực, Quốc hội bị giải tán, hiến pháp bị bãi bỏ và tổng thống tuyên bố thiết quân luật. Mãi đến Tháng Hai năm 2001, sau cuộc tuyển cử năm 2000 chính phủ mới cho triệu tập lại Quốc hội nhưng thiết quân luật vẫn giữ nguyên và Turabi bị tống giam vì tội hiệp thương với lực lượng SPLA. Turabi tiếp tục lên án chính phủ nên dù khi được thả khỏi tù, ông vẫn bị quản chế tại gia.

Theo Hiệp định Hoà bình Bắc – Nam (2005), Sudan thành lập Chính phủ đoàn kết dân tộc và Quốc hội 450 ghế theo tỉ lệ phân chia đảng Đại hội Quốc gia (NCP): 52%, Phong trào Giải phóng miền Nam Sudan (SPLM): 28%, các đảng phái miền Bắc khác: 14%, các đảng phải miền Nam khác: 6%.Từ 2/2003, các nhóm vũ trang Darfur (miền Tây Sudan) nổi dậy chống Chính phủ với lý do Chính phủ không quan tâm đến Darfur. Ngày 5 tháng 5 năm 2006, dưới sự bảo trợ của Liên minh châu Phi, Phong trào Giải phóng Sudan (1 trong 2 nhóm vũ trang lớn nhất ở Darfur) do Minawy đứng đầu ký Hiệp định hoà bình với Chính phủ Sudan. Tháng 2 năm 2009, Chính phủ Sudan và Phong trào Công bằng, Công l‎ý đã ký Văn kiện xây dựng lòng tin mở đường cho đàm phán hòa bình giữa Chính phủ và các nhóm nổi dậy tại Darfur.